L’EMI est un établissement de formation d’ingénieurs affilié à l’Université Mohammed V Agdal donc dépendant du Ministère de l’Enseignement Supérieur et partant, elle est gérée comme tout autre établissement universitaire.

Elle est dirigée par un Directeur nommé par sa Majesté le Roi selon le processus fixé par la loi 01-00 :

Le Directeur est secondé par deux directeurs adjoints nommés sur sa proposition par le président de l’Université :
 le Directeur Adjoint chargé des Affaires Académiques et Estudiantines
 le Directeur Adjoint chargé de la Recherche et de la Coopération
 et par un Secrétaire Général lui aussi nommé par le président de l’Université sur proposition du Directeur

L’Ecole dispose d’instances dirigeantes telles que :

• Le Conseil de l’Ecole duquel émanent six commissions :
  • La Commission de la Recherche
  • La Commission Pédagogique
  • La Commission de Suivi Budgétaire
  • La Commission Formation Continue et de Partenariat
  • La Commission de Discipline
  • La Commission de Communication

L’EMI dispose aussi d’une Commission Scientifique indépendante du conseil de l’établissement.