L’EMI est un établissement de formation d’ingénieurs affilié à l’Université Mohammed V de Rabat, donc dépendant du Ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche Scientifique et de l’Innovation, et partant elle est gérée comme tout autre établissement universitaire.

Le Directeur de l’École Mohammadia d’ingénieurs est secondé par deux directeurs adjoints nommés sur sa proposition par le président de l’Université :

• Le Directeur Adjoint chargé des Affaires Académiques et Estudiantines
• Le Directeur Adjoint chargé de la Recherche et de la Coopération

Le Directeur est secondé aussi par un Secrétaire Général lui aussi nommé par le président de l’Université sur proposition du Directeur

L’Ecole dispose d’instances dirigeantes suivantes :

• Le Conseil de l’Ecole duquel émanent six commissions :
  • La Commission de la Recherche
  • La Commission Pédagogique
  • La Commission de Suivi Budgétaire
  • La Commission Formation Continue et de Partenariat
  • La Commission de Discipline
  • La Commission de Communication
• L’EMI dispose aussi d’une Commission Scientifique indépendante du conseil de l’établissement.